动物检疫的对象是部分常见多发、危害严重或者影响公共卫生安全的动物传染病，检疫不合格代表动物、动物产品有一定的动物疫病发生风险，因此必须按照规定采取隔离观察、补免或销毁等处理措施，消除其传播动物疫病的可能性，以达到保护养殖业发展和人体健康，维护公共卫生安全的目的。动物防疫法第五十六条规定，经检疫不合格的动物、动物产品，货主应当在农业农村主管部门的监督下按照国家有关规定处理，处理费用由货主承担。
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